フォーマットする頻度はどれくらいが良いのでしょうか？

書き込む頻度にも依存しますがSDカードの容量分書き込んだたらフォーマットしたほうがいいと思います（ファイルを消さないでそのままにして）。これは断片化をできるだけ起こさない方法となります。