ＳＤＡのフォーマッターともともとカメラに入っているフォーマッターとはどこが違うのでしょうか。

SDカードフォーマットツールとカメラのフォーマッターでの違いは、カメラメーカのみ知っています。ただしこちらで推測すると、ほぼ同じと判断しますが、そのカメラがSDA規格に準拠している場合です。中には規格にあっていないものもありますのでその場合には、SDカードの性能を最大限に出せるフォーマットではない場合があります。