SDカードは容量に応じて、ファイルシステムのタイプが異なります。SD規格では、以下のようになっています。
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しかし、機器が上記のファイルシステムをサポートしていないなどの問題により容量とファイルシステムタイプがマッチしないファイルシステムでフォーマットしたいということがあります。また、ファイルシステムの制限から、ファイルサイズが2GB(4GB)を超えるファイルを扱いたいからNTFSなどPCで使わかれているファイルシステムなどにしたいということもあります。
では上記を試してみたいと思うのが人の心です。
ということで、いろいろな機器がFAT32をサポートはしているので、FAT32で（SDカードの容量関係なく）フォーマットしたいという人へのおすすめは、
http://forest.watch.impress.co.jp/library/img/review/10544/html/fat32format.jpg.html
これです。Windows用のみとなります。SD規格では、１パーティションでなければならないという規格がありますので、これを使って１パーティションで、
FAT32(SDカード全体とか、また前方の一部容量まで）でフォーマットしてみてください。他にも、PC向けのHDDのOEMで販売している会社などが同じようなソフトウェアを公開していますが、当然自社のHDDしか動かないように設定されていたりしますのでこのようなgenricなソフトウェアのほうがいいとおもいます。ただし、FAT32でフォーマットできるとしても、2TBまでです。これ以上の容量の場合はこれらのツールを使ってもできません。理由は、FAT32ファイルシステムの前提は512バイトセクターで、512バイトセクターを32bit整数で指定して、read/writeするためです。よって、（512バイト x 32bit最大整数=)2TBとなるので2TBを超えることはできません。超えると、32bit最大整数で場所を指定できないからです。
32GB以下でexFATでフォーマットしたいという人は、Windowsの標準フォーマットプログラムを使ってフォーマットする必要があります。これはあまりいないでしょうけど。
重要なことがあります。
基本的に、SDのロゴが書かれている機器の場合は、上記の容量とファイルシステムタイプの組み合わせで機器の設計を行っていますので、異なった場合には、ひよっとすると動くかもしれないし、全く認識できない場合もあります。SDカードの場合は影響を受けないと思っている人もいますが、実は影響をうけます。SDカードは、SSD等や、HDDのようなどんなファイルシステムでもＯＫという設計はされていません。SSDのような、どんなファイルシステムもＯＫのSDカードはないかというと、量販店、携帯電話ショップ、インターネットモールなどでは知っている限りは（現時点では）購入はできません。業務用向けのSDカードを製造している会社があります。これらの会社から購入となりますが、一般向けには販売していないと思いますので難しい状況です。また、驚くほど価格も高価になります。
ということを踏まえたうえで、exFATでフォーマットするにはどうしたらよいかですが、SDカードフォーマットツールでは容量毎にファイルシステムを決めていますので（選択できません）、32GBを超える容量以外ではexFATではフォーマットできません。よって、これができるものというと、Windowsの標準フォーマットでおこなうしかないのではと思います。 最近は、ファイルサイズも4GBを超えるものもあり、4GB以上で32GB以下の容量でどんなファイルでも外部メディアバックアップ取りたいと思うとこれが一番いいかもしれません。NTFSという選択肢もありますがこれですとフォーマットするのもまた苦労が伴います。